Những đóng góp to lớn của công ty NAVETCO đã vinh dự được Nhà nước ghi nhận bằng nhiều phần thưởng cao quý như :

• Huân chương độc lập hạng Ba năm 2011.
• Huân chương lao động hạng Ba năm 1985.
• Huân chương lao động hạng Nhì năm 1995.
• Huân chương lao động hạng Nhất năm 2006.
• Cờ thi đua của Thủ tướng Chính phủ năm 2006.
• Nhiều bằng khen, Cờ thi đua xuất sắc của Bộ NN&PTNT
• Nhiều năm liền được Bộ NN&TPNT công nhận là tập thể lao động xuất sắc.

Ngoài ra, Công ty còn giành được các giải thưởng lớn như :

• Cúp vàng thương hiệu Việt nghành dược phẩm.
• Top 100 thương hiệu hàng đầu Việt Nam.
• Giải thưởng Bông lúa vàng Việt Nam.
• Đạt danh hiệu Hàng Việt Nam chất lượng cao.
• Thương hiệu uy tín chất lượng.

Đặc biệt trong lĩnh vực khoa học kỹ thuật Công ty đã đạt được những giải thưởng lớn như :

• Giải thưởng sáng tạo kỹ thuật TPHCM năm 2010.
• Giải thưởng sáng tạo Khoa học công nghệ Việt Nam năm 2010.
• Giải thưởng WIPO năm 2012.
• Giải thưởng bông Lúa vàng Việt Nam năm 2015.